纤毛虫作为原生动物中特化程度最高且最为复杂的一个门，是一大类通常行异养的单细胞真核生物，具有高度的形态和功能多样性。其个体大多在20-200微米之间，分布极为广泛，常见于海淡水、土壤等多种（含极端）生境中以及包括人类在内的多种宿主。目前全球已知约9000种，其中逾1/3生活在海洋中（图B2-3-1、图B2-3-2、图B2-3-3、图B2-3-4）。
纤毛虫具有以下三个典型特征区别于其它原生动物：
-
通常终生，或生命周期的某个时期生有纤毛，用以运动及辅助摄食。纤毛由毛基体发出，可形成列或簇等特征性图式，与相连的微管及纤维系统，统称为“纤毛图式”，是现代分类学的主要依据。
-
具两型核，即细胞核由司营养的多倍体大核和司生殖的二倍体小核组成。
-
大多具有摄食用的胞口，其内通常附有复杂的口纤毛器；吸管虫类则以吸管作为摄食胞器，而某些寄生类群则完全缺失胞口。
纤毛虫是几乎所有生态系统中的重要功能类群，而某些种类却是赤潮成因及海洋经济动物的致病原。我国具有丰富的海洋纤毛虫多样性，但该类群在历次海岸带资源调查中均为缺项，许多生境（如海洋底栖）中的纤毛虫研究仍为空白。目前国内记录的海洋纤毛虫仅约300种，大量物种尚有待于发现。
进行纤毛虫的生物多样性与分类学研究，不仅有助于了解该类群的构成与分布，从而进行有效的资源开发与环境保护，而且将为解答有关生命起源与进化、核质关系以及微型生物的物种概念等基本生物学问题提供独特的研究材料。
